Pada
tahun 1521, dua kapal ekspedisi Spanyol sampai di Maluku. Mereka datang dari
Filipina dalam pelayaran kembali ke Spanyol melalui Kalimantan Utara. Ketika
itu, di Maluku sedang terjadi persaingan antara Ternate dan Tidore.
Untuk
mengimbangi kekuatan Ternate yang didukung Portugis, Spanyol mendukung Tidore.
Keadaan
ini mendapat protes dari Portugis karena dianggap melanggar Perjanjian Saragosa
tahun 1528. Selain itu karena kalah kuat, persekutuan Tidore dan Spanyol dapat
dilumpuhkan.
Sejak
tahun 1543, tidak ada lagi ekspedisi Spanyol ke Indonesia. Berdasarkan
Perjanjian Tordesillas, kawasan Maluku hanya boleh dijelajahi Portugis,
sedangkan Spanyol hanya sampai di Filipina.