Salah
satu tujuan imperialisme kuno adalah God, menggunakan daerah jajahan untuk tempat
penyebaran agama Nasrani/Kristen. Oleh karena itu, kedatangan orang-orang Eropa
di Indonesia berkaitan dengan penyebaran agama Kristen.
Semula
agama Kristen-Katolik disebarkan bersamaan dengan kedatangan bangsa Portugis di
Maluku. Karya misionaris Katolik dimulai pada abad ke-16. Bermula di Ambon,
kemudian Ternate dan Halmahera, serta Flores dan Timor. Kini kedua pulau
terakhir ini menjadi jantung agama Katolik di Indonesia.
Untuk
selanjutnya penyebaran agama Katolik disebarkan oleh sebuah organisasi (badan)
yang disebut Missi. Missi mengadakan penyebaran agama Katolik di pedalaman
Kalimantan, Sulawesi Utara, Sulawesi Tengah, Nusa Tenggara Timur, Maluku
Tengah, Maluku Selatan, dan Irian Jaya.
Pada
abad ke-17, dengan kehadiran VOC, Kristen Protestan mulai berperan penting di
Indonesia. Meski tujuan utamanya berdagang. VOC berkewajiban meningkatkan
meningkatkan iman Protestan bagi orang-orang di bawah kendali wilayah
kekuasaanya. Orang-orang yang dahulu memeluk Katolik, beralih ke Protestan,
terutama di Maluku, Manado, dan Batavia. Kantung-kantung baru masyarakat
Kristen didirikan, terutama Indonesia Timur. Flores dan sebagian Timor tetap
memeluk agama Katolik. Sebab pengaruh Portugis tetap berlanjut. Ketika VOC
dibubarkan pada tahun 1799, masih terdapat sekitar 50.000 pemeluk protestan di
bekas wilayah kekuasaannya.
Semasa
pemerintahan Gubernur Jenderal H.W Daendels di Indonesia (1808–1811), kebebasan
beragama dijamin. Sejak itu berakhirlah dominasi Kalvinisme di Indonesia.
Kemudian pemerintahan Inggris dengan Gubernur Jenderal Sir Thomas Stamford
Raffles yang mengizinkan berbagai organisasi misi masuk ke Indonesia. Kebijakan
tersebut dilanjutkan ketika Indonesia diserahkan kembali kepada Belanda tahun
1815. Dua tahun kemudian (1817), seluruh gereja Protestan di Indonesia dinyatakan
menjadi gereja pemerintah.
Penyebaran
agama Kristen Protestan di Indonesia dilakukan sejak zaman VOC. Kemudian
dilakukan oleh suatu organisasi (badan) yang disebut Zending (Pekabaran Injil).
Semula Zending diurus oleh pemerintah Belanda. Namun mulai tahun 1935, Zending
berdiri sendiri.