Gubernur
militer Deyckerhoff dianggap sebagai bertanggung jawab atas peristiwa tersebut.
Gubernur militer Deyckerhoff kemudian ia dipecat. Melihat keadaan ini,
pemerintah Belanda memberi tugas kepada Dr. Snouck Hurgronje. Ia seorang ahli
agama Islam, hukum adat, dan kebudayaan untuk menyelidiki masyarakat Aceh.
Maksudnya untuk mengetahui kelemahan dan kekuatan pihak Aceh.
Dalam
penyelidikannya, ia menyamar sebagai ulama dari Turki, bernama Abdul Gaffar.
Dari penyelidikannya, Dr. Snouck Hurgronje menyusun sebuah buku yang berjudul
De Atjehers. Dalam bukunya, ia mengusulkan bahwa Aceh harus ditaklukkan dengan
menggunakan siasat kekerasan yaitu menyerang dan menggempur pusat-pusat
pertahanan para ulama.
Atas
dasar penyelidikan dan usul itu, pemerintah Belanda menugaskan Jenderal Van
Heutsz untuk melaksanakan tugas tersebut. Ia membentuk pasukan anti
gerilya/marschose (marechausse). Pada tahun 1899, Teuku Umar gugur dalam
pertempuran di Meulaboh. Perjuangan dilanjutkan oleh istrinya, Cut Nyak Dien Tahun
1903, Sultan Muhammad Daud Syah terpaksa menyerah karena keluarganya ditawan.
Hingga pada tahun 1904, para pemimpin Aceh dipaksa menandatangani Perjanjian
Singkat atau Plakat Pendek. Isinya menyatakan bahwa Aceh mengakui kekuasaan
Hindia Belanda.
Walaupun
begitu, perjuangan Aceh terus berlangsung. Perlawanan Aceh baru dapat
betul-betul dipatahkan pada tahun 1917. Perang Banjar (1858–1866) Latar belakang
terjadi perang banjar yakni:
a.
Pemerintah kolonial Belanda campur
tangan dalam urusan pergantian takhta kerajaan. Pemerintah kolonial Belanda
mendukung Pangeran Tamjidullah yang tidak disukai oleh rakyatnya.
b.
Setelah Pangeran Tamjidullah turun
takhta, pemerintah kolonial Belanda mengumumkan penghapusan Kerajaan
Banjarmasin. Tokoh-tokoh banjar ikut ambil dalam perang tersebut. Antara lain:
Pangeran Prabu Anom, Pangeran Hidayat, Pangeran Antasari, Kyai Demang Leman,
Haji Nasrun, Haji Buyasin, dan Kyai Langlang.
Pertempuran
terjadi di Sungai Barito. Kapal milik Belanda Omrust dibakar dan ditenggelamkan
oleh rakyat. Tahun 1861, Pangeran Hidayat terpaksa menyerah dan diasingkan ke
Cianjur. Tahun 1862, Pangeran Antasari wafat. Kyai Demang Leman tertangkap dan
dihukum gantung. Haji Buyasin gugur dalam pertempuran di Tanah Dusun. Satu per
satu pemimpin gugur sedikit demi sedikit kekuatan rakyat Banjar melemah.
Kehilangan para pemimpin, membuat pertempuran dapat dipatahkan oleh Belanda.